Das Max-Planck-Institut für Informatik (MPI INF) wurde 1988 vom Gründungsdirektor Kurt Mehlhorn ins Leben gerufen und nahm 1990 seine Arbeit auf. Es war das erste Institut der Max-Planck-Gesellschaft, Deutschlands führender Forschungsorganisation, das sich schwerpunktmäßig mit Informatik befasste. 1996 bezog das Institut sein Gebäude auf dem Campus der Universität des Saarlandes.

Nach der Gründung des Instituts leitete Kurt Mehlhorn die Abteilung „Algorithms and Complexity” bis 2022, als er sie an den derzeitigen Direktor Danupon Na Nongkai übergab. Harald Ganzinger, der kurz nach der Gründung zum Institut kam, leitete die Abteilung „Programming Logics“ bis zu seinem Tod im Jahr 2004. Eine dritte Abteilung, Computer Graphics, folgte 1999 unter der Leitung von Hans-Peter Seidel. Im Jahr 2001 trat Thomas Lengauer dem Institut bei und leitete bis zu seiner Emeritierung im Jahr 2018 die Abteilung für Computational Biology and Applied Algorithmics. Im Oktober 2003 wurde die Abteilung Databases and Information Systems unter der Leitung von Gerhard Weikum gegründet, der sie bis zu seiner Emeritierung im Jahr 2023 leitete. Im Jahr 2010 kam die Abteilung für Computer Vision and Machine Learning unter der Leitung von Bernt Schiele hinzu. Im Jahr 2018 wurde die Abteilung für Internet Architecture unter der Leitung von Anja Feldmann gegründet. Im Jahr 2021 nahm die Abteilung Visual Computing and Artificial Intelligence unter der Leitung von Christian Theobalt ihre Forschungsarbeit auf. Neben den oben genannten Abteilungen arbeiten drei unabhängige Forschungsgruppen am Institut: Die Gruppe „Automation of Logic“ wurde 2005 von Christoph Weidenbach gegründet. Im Jahr 2020 nahm die Gruppe „Network and Cloud Systems“ unter der Leitung von Yiting Xia ihre Arbeit auf. Zuletzt gründete Vera Demberg 2024 die Forschungsgruppe „Multimodal Language Processing“.

Von 2003 bis 2020 wurde mit dem Max Planck Center for Max Planck Center for Visual Computing and Communication zwischen der Max-Planck-Gesellschaft und der Stanford University gegründet, um junge Informatiker in ihrer Karriere zu unterstützen.

Von 2007 bis 2017 war das Max-Planck-Institut für Informatik einer der Kernpartner im Exzellenzcluster für Multimodal Computing and Interaction, das von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) im Rahmen der deutschen Exzellenzinitiative eingerichtet wurde.

Im Jahr 2022 wurde eine langfristige strategische Forschungspartnerschaft zwischen Google und dem MPI INF mit dem Saarbrücken Research Center on Visual Computing, Interaction and Artificial Intelligence (VIA) gegründet. Das VIA-Zentrum wird von dem Gründungsdirektor Christian Theobalt und dem Co-Direktor Bernt Schiele geleitet.

Im Jahr 2024 arbeiten insgesamt 140 Wissenschaftler am Max-Planck-Institut für Informatik, darunter 96 Doktoranden und 44 Postdoktoranden.